Santa María del Oro es un lago crater (~60 m profunidad) con un patrón de estratificación tropical monomíctico.  Esto es, tiene una estratificación térmica estable durante la mayor parte del año (termoclina 16-24 m, gradiente metalimnético 7ºC) con una breve mezcla en invierno.  La columna de agua es térmicamente homogénea desde fines de Enero hasta principios de Marzo, pero el oxígeno disuelto solo es homogéneo por un periodo corto a finales de Enero (Fig. 1). Esto indica que cuando la columna de agua es térmicamente homogénea, no necesariamente hay mezcla, la mezcla aparentemente se restringe a los días más fríos del año, cuando las aguas superficiales se vuelven más densas por enfriamiento.  En este lago, cuando la columna de agua mezcla, la demanda de oxígeno es tan alta que no alcanza a transportarse suficiente oxígeno hacia las capas de agua inferiores y toda la columna experimenta una reducción marcada en el oxígeno disuelto (<1mg/l), quedando el agua de fondo anóxica prácticamente todo el año.

Este lago tiene aguas levemente alcalinas, dominadas por bicarbonatos y cloruros dentro de los aniones y por sodio y magnesio con concentraciones bajas de calcio dentro de los cationes.  A pesar de ser un lago de aguas dulces, los sólidos disueltos totales, la conductividad eléctrica y los valores relativamente altos de Cl- indican que el lago ha experimentado concentración por evaporación, algo que es congruente con el clima de la zona, que se caracteriza por una estación seca muy prolongada.  Durante el verano-otoño ocurre precipitación de aragonita; este mecanismo favorece las bajas concentraciones de Ca2+ y relativamente altas de Cl-.  Santa María del Oro es un lago mesotrófico, con altas concentraciones de fósforo soluble reactivo y de silica.  El nitrógeno tiene niveles altos durante la mezcla de invierno pero puede llegar a ser el elemento limitante durante estratificación (Fig. 2)

Los ostracodos y diatomeas que habitan en este lago tienen comunidades diferentes en las distintas zonas del lago.  Los ostracodos son más diversos y abudnates en las zonas litorales con vegetacion litoral abundante, donde las especies principales son Potamocypris variegata, Cypridopsis vidua y Darwinula stevensoni.  Las diatomeas tienen una alta diversidad pero baja abundancia en las zonas litorales, donde especies perifíticas como Amphora coffeaeformis, Planothidium delicatulum e Hippodonta lunemburgensis son dominates (Fig. 3).  En las zonas más profundas (>10m) las diatomeas son más abundantes pero tienen baja diversidad, dominando las especies planctónicas Aulacoseria ganulata y Nitzschia amphibia (Fig. 3).  Llama la atención la presencia, si bien con baja abundancia, de Triblionella granulata en este lago, ya que ésta es una especia marina; su presencia en este lago puede deberse por un lado a la cercanía del mar y por otro a la relativamente alta concentración de cloruros que caracterizan a este lago.