Este laboratorio se estableció en 1998-99 al inaugurarse el edificio Anexo al Instituto de Geofísica, siendo director el Dr. Jaime Urrutia y gracias al apoyo del proyecto de grupo CONACyT G28528-T.

Es uno de los laboratorios del “Grupo Universitario de Estudios Paleoclimáticos y Paleoambientales” en el que participan investigadores y técnicos de los institutos de Geofísica y Geología de la UNAM (los otros laboratorios participantes son el de Paleomagnetismo y Magnetismo de Rocas (IGEOF), el de Paleoecología y Palinología del Cuaternario (IGEOL) y el de Paleoambientes (IGEOL)

En este laboratorio se almacenan y estudian secuencias sedimentarias no consolidadas (lacustres, palustres, fluviales, lagunas costeras, etc.), realizándose la descripción inicial, muestreo y preparación de los sedimentos para diversos análisis físicos, químicos o biológicos. Se cuenta con un área limpia en done se procesan muestras para estudios micropaleontológicos, principalmente de diatomeas y otros microfósiles como cladóceros, otrácodos, etc. Las secuencias sedimentarias se almacenan en una cámara fría en donde actualmente se albergan los núcleos provenientes del Lago de Chalco, cuya sección maestra llega a los 122 m de profundidad y abarca un lapso temporal de aproximadamente 200,000 años.

Para los estudios micropaleontológicos se cuenta con microscopios estereoscópicos y ópticos y un sistema de fotografía para la captura y análisis de imágenes. Se tiene una colección de laminillas permanentes de diatomeas provenientes de diversos ecosistemas en México, tanto modernos como antiguos. También se cuenta con una base de datos de las características de los diversos lagos estudiados.